El agua es fuente de vida y, junto con el aire, es el principal elemento para los seres vivos, pero cada vez es un bien más escaso.
En ese sentido, San Miguel de Pedroso puede considerarse un pueblo afortunado, puesto que el agua corre por sus entrañas hasta en los veranos más secos.
En el casco urbano:
- Fuente de la plaza.
- Fuente Nueva o del Pajarito.
- Fuente de abajo.
En el resto del término han existido y existen numerosas fuentes y manatiales.
En la vertiente del Arroyo de Valjubí:
- Manantial de Valsorda, que está al final del valle de Valsorda.
- Fuente La Paja, que está en el valle de Valdichavieza.
- La Mata
- Fuente Bustillo, nacimiento del río Valjubi. Es la fuente más importante.
- La Fuente de la Virgen, que está en la ladera izquierda subiendo el valle de Valjubí.
- El Enebral
En la vertiente del Arroyo de Puras:
- San Mamés, que está en el lugar donde estuvo ubicado el antiguo monasterio de San Mamés.
- Fuente El Lobo, que está al borde de la carretera de Puras.
- Fuente de la Vargadilla, que está en el cruce de la carretera de Puras y San Miguel.
En la vertiente del Río Tirón:
- Vallegrande, que está en el vallejo de Vallegrande.
- El Juncal, que está en el vallejo del Juncal.
- Circoaraña, que está en el vallejo de Circoaraña.
- La Peñuela o Fuente de la Salud, que está junto al cauce molinar, debajo del término de Llano.
- Fuente La Teja
- Linares, que está junto al lugar donde estuvo ubicado el antiguo monasterio de Linares.